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Bachelor Theses

14. Ariadna Plaza Romo.

Fotofísica de Antibióticos Activados por Luz.

Supervisores: Lucía López Pacios y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2023-2024. 

13. Micaela Vidal Sánchez.

Mecanismo de Acción de Moléculas Psicodélicas.

Supervisores: Vito Palmisano y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2023-2024. 

12. Olga Martín Vallez.

Simulación Teórica de la Interacción de Fármacos con ADN.

Supervisores: Lorena Ruano de Domingo y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2023-2024. 

11. Manuel Sánchez-Beato Puebla.

Influencia del Entorno Proteico de la Enzima Luciferasa en el Espectro de Emisión de la Oxiluciferina.

Supervisores: Henar Mateo de la Fuente y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2023-2024. 

10. Aitana Pérez Sáenz.

Caracterización Computacional de las Interacciones entre Contaminantes Orgánicos Persistentes y ADN.

Supervisores: Jesús Lucia-Tamudo  y Juan J. Nogueira. Grado en Ciencias Ambientales, Universidad Autónoma de Madrid, 2023-2024. 

9. Miguel Ángel Bayo Valero.

Influencia de las Mutaciones de la Enzima Luciferasa en la Bioluminiscencia de la Oxiluciferina. 

Supervisores: Henar Mateo de la Fuente  y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2022-2023. 

8. Francisco Javier Patiño López.

Simulación Computacional del Proceso de Conducción Iónica a través de Canales Iónicos Eucariotas.

Supervisores: Nuria Anguita Ortiz  y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2022-2023. 

7. Diego Llorena Prieto.

Simulación Teórica de la Reactividad de Fármacos de Platino con ADN. 

Supervisores: Lorena Ruano  y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2022-2023. 

6. Iván Heredero Sosa. Energía Nuclear y Transición a la Independencia Energética en España con Cero Emisiones. 

Supervisor: Juan J. Nogueira. Grado en Ciencias Ambientales, Universidad Autónoma de Madrid, 2022-2023. 

5. Mario Rodríguez Sánchez.

Diseño Computacional de Derivados de Luciferina con Propiedades Fotofísicas Mejoradas.

Supervisores: Lara Martínez-Fernández y Juan J. Nogueira. Grado en Ciencias Ambientales, Universidad Autónoma de Madrid, 2021-2022. 

4. Julia Arnanz Sebastián.

Simulación Computacional de la Fotofísica de Analgésicos Activados por Luz.

Supervisores: Inés Corral Pérez y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2020-2021. 

3. Sandra Samper Martínez.

Simulación del Proceso de Integración de Compuestos Anticancerígenos de Platino en Membranas Celulares.

Supervisores: Gustavo Cárdenas y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2020-2021. 

2. Henar Mateo de la Fuente.

Estudio Computacional de la Fotofísica de Emisión del Anión de la Oxiluciferina y de sus Análogos.

Supervisores: Inés Corral Pérez y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2019-2020. 

1. Lorena Ruano de Domingo.

Simulación del Proceso de Absorción de Cisplatino en una Bicapa Lipídica DOPC mediante Dinámica Molecular Clásica.

Supervisores: Gustavo Cárdenas y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2019-2020. 

Master Theses
Master Theses

13. Raúl Lago Saavedra.

Computational Study of Interactions of Na+ and K+ in Eukaryotic Ionic Channels.

Supervisors: Nicolás Ramos-Berdullas and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad de Vigo, 2023-2024. 

12. Lucia López Pacios.

Theoretical Design of Anesthetic Drugs Target to Ion Channels.

Supervisors: Lara Martínez Fernández and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2022-2023. 

Master Theses

11. Julia Arnanz Sebastián.

Photoprotection Mechanism and Photosensitivity of the UVB Filter PABA: A Computational Study.

Supervisors: Inés Corral and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2022-2023. 

10. Atena Salek.

Computational Modelling of Ion Conduction through ORF3a Channel. 

Supervisors: Noelia Faginas Lago, Andrea Lombardi and Juan J. Nogueira. TCCM, Università degli Studi di Perugia, 2022-2023. 

9. Lorena Ruano de Domingo.

Energy Decomposition Analysis of Drug/Protein Interactions.

Supervisors: Marcos Mandado and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2021-2022. 

8. Henar Mateo de la Fuente.

Computational Characterization of the Photophysics of Oxyluciferin within the Luciferase Environment

Supervisors: Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2021-2022. 

7. Alvaro Pérez Barcia.

Solute-Solvent Interactions in Water: a QM/MM Energy Decomposition Analysis Approach.

Supervisors: Marcos Mandado Alonso and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidade de Vigo, 2020-2021. 

6. Péter Bernát Szabó.

Cosolvent and Dynamic Effects in Binding Pocket Search by Docking Simulations.

Supervisors: Jeremy Harvey and Juan J. Nogueira. TCCM, KU Leuven, 2020-2021. 

5. Cristina Gil Herrero.

Computation of the Free-Energy Profile along the Transport of Carboplatin across a Dioleoylphosphocholine Membrane.

Supervisors: Gustavo Cárdenas and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2020-2021. 

4. Jesús Lucia Tamudo.

Modelling Redox Properties of Guanine-Based Biosensors using Cluster Models and Self-Assembled Monolayers.

Supervisors: Sergio Díaz-Tendero Victoria and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2020-2021. 

3. Carlos Gómez Rodellar.

Modelling the Binding of Azobenzene to the Human Voltage-Gated Sodium Channel Nav 1.4.

Supervisors: Gustavo Cárdenas y Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2019-2020. 

2. Vito F. Palmisano.

Computational Study of the Interaction of a Molecular Photoswitch with the Human Nav 1.4 Ion Channel.

Supervisors: Shirin Faraji, Gustavo Cárdenas and Juan J. Nogueira. TCCM, University of Groningen, 2019-2020. 

1. Hannah Pollak.

Force Field Assessment and Molecular Dynamics of Na+/K+ Conduction Through a Human Voltage-Gated Sodium Channel.

Supervisors: Noelia Faginas Lago, Andrea Lombardi and Juan J. Nogueira. TCCM, Università degli Studi di Perugia, 2019-2020. 

PhD Theses

3. Jesús Lucia-Tamudo.

Computational Modelling of Redox Properties of Nucleic Acids in Different Environments.

Supervisors: Sergio Díaz-Tendero and Juan J. Nogueira. Universidad Autónoma de Madrid, October 2023. 

2. Gustavo Cárdenas.

Modeling the Interactions of Anticancer Compounds with DNA and Lipid Membranes.

Supervisors: Juan J. Nogueira. Universidad Autónoma de Madrid, July 2022. 

1. Juan J. Nogueira.

Classical Trajectory Simulations of Collisions between Polyatomic Molecules and a Self-Assembled Monolayer Surface.

Supervisors: Emilio Martínez-Núñez, and Saulo A. Vázquez. Universidade de Santiago de Compostela, October 2011. 

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